El Ministerio de Salud de Santa Cruz al igual que los ministerios de salud del resto de las provincias de todo el país, ante versiones provenientes del Gobierno Nacional de que el Ministerio de Salud de la Nación cambiaría de rango, defiende la jerarquía de dicho órgano con rango Ministerial, en razón de lo siguiente:
Que eliminar el Ministerio de Salud de la Nación como tal y darle un rango inferior al mismo constituiría un retroceso institucional  significativo en la búsqueda y consolidación de los objetivos trascendentes trazados por la ley y la Constitución Nacional en la ejecución de  los planes, programas y proyectos del área para atender a la población, en especial a los más vulnerables; sino además tal circunstancia desnuda una perspectiva política que está al margen de la consideración de la Salud como DD HH fundamental, relegando a la misma como bien social de la comunidad.
En la historia argentina la salud pública apareció como una función importante del Estado durante la primera presidencia de Juan D. Perón, quien crea en mayo 1946 la Secretaría de Salud Pública. Posteriormente en 1949, con la reforma constitucional, se amplía el número de ministerios y la Secretaría de Salud Pública se transforma en el Ministerio de Salud Pública, siendo el primer ministro Ramón Carrillo. El golpe de estado de 1955, disolvió el Ministerio de Salud Pública, e incluyó sus funciones en el Ministerio de Asistencia Social, que a su vez fue disuelto ese mismo año, al asumir el poder el presidente de facto General Pedro Eugenio Aramburu. En 1958, el Presidente Arturo Frondizi volvió a crear el organismo con el nombre de Ministerio de Asistencia Social y Salud Pública, y  en 1966, el presidente también de facto Juan Carlos Onganía, volvió a disolverlo, para incluir sus funciones en el Ministerio de Bienestar Social. En 1981, el presidente de facto Roberto Viola le cambió el nombre por el de Ministerio de Salud Pública y Medio Ambiente. El 10 de diciembre de 1983 asumió el Presidente Raúl Alfonsín que dispuso la reaparición del Ministerio de Salud y Acción Social. Posteriormente, en 1999 cuando asume como presidente Fernando de la Rúa se modifica la ley de ministerios y se crea el Ministerio de Salud, separándolo del Ministerio de Acción Social. En 2002, el presidente Eduardo Duhalde unificó dos funciones para crear el Ministerio de Salud y Ambiente. En 2007, la presidenta Cristina Fernández desdobló las funciones y volvió a crear el Ministerio de Salud.
La planificación global del sector salud y en coordinación con las autoridades sanitarias de las jurisdicciones provinciales y del Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, con el fin de implementar un Sistema Federal de Salud, consensuado, que cuente con la suficiente viabilidad social y sanitaria, sólo se puede lograr a instancia de un Ministerio de Salud de la Nación fuerte y organizado, que garantice sin concesiones el proceso salud-enfermedad-atención en el marco de los planes universales de salud, la atención primaria, los planes de maternidad e infancia, de vacunación, epidemiología, discapacidad y rehabilitación, etc,, poniendo a la persona humana como eje fundamental del sistema, garantizando la accesibilidad y la calidad de la atención integral en toda su dimensión.
No existe la posibilidad de coordinación, articulación y complementación del sistema de servicios de salud estatales del ámbito nacional, provincial o municipal, de la seguridad social, y del sector privado, sin que exista un Ministerio de Salud a nivel Nacional que se alce como el Rector de las políticas esenciales del sector tendiente a unificar los criterios sanitarios sustanciales con la colaboración directa de las provincia y la asistencia de los programas destinados a los sectores más postergados de la sociedad.